La CNE a pour mission d'informer sur l'état de la recherche médicale, d'évaluer les retombées sociales et les enjeux éthiques des biotechnologies dans la médecine humaine tout en menant une réflexion éthique globale (cf. loi sur la procréation médicalement assistée [LPMA]). En tant que commission indépendante, elle est également chargée de faire état des problèmes posés par les conflits entre les intérêts de la recherche et ceux d'autres domaines divergents.

• La CNE est un comité d'experts indépendant. A ce titre, elle analyse en détail les questions éthiques et analyse les libertés civiles et les droits sociaux fondamentaux en tenant compte de la tradition démocratique de la Suisse.

• Elle produit le résultat de ses analyses à l'intention du Conseil fédéral, du Parlement et de la population. Elle n'anticipe pas les décisions du législateur mais prodigue des conseils au monde politique.

• La Commission ne prend pas position sur des projets de recherche en particulier ; cette tâche incombe aux commissions d'éthique cantonales.

• Elle ne représente pas l'ultime instance chargée de définir ce qui est admissible sur le plan éthique ou moral. Elle se propose plutôt, dans l'intérêt du bien commun, de fournir une argumentation raisonnée sur les questions controversées et de rendre public le contenu des débats.