Die NEK hat den Auftrag, über den medizinischen Forschungsstand zu informieren, die sozialen Möglichkeiten und ethischen Probleme der Biotechnologien im humanmedizinischen Bereich zu erkennen und zu einer umfassenden ethischen Urteilsbildung beizutragen (siehe Fortpflanzungsmedizingesetz FMedG). Als nicht standesgebundene Kommission ist es auch ihre Aufgabe, die Fragestellungen auszuweisen, welche sich aus einem Widerstreit von Interessen der Forschung und davon abweichenden Interessen ergeben.

• Die NEK ist als unabhängiges Expertengremium geschaffen worden. Ihre Unabhängigkeit hat den Sinn, ethische Themen umfassend zu analysieren und mit Blick auf die demokratischen Traditionen der Schweiz, ihre bürgerlichen Freiheiten und sozialen Grundrechte zu erörtern.

• Die Kommission formuliert ihre Erörterungen zuhanden von Regierung, Parlament und Öffentlichkeit. Sie nimmt die Entscheidungen des Gesetzgebers nicht vorweg, sondern hat die Funktion, die Politik zu beraten.

• Die Kommission hat nicht die Aufgabe, zu einzelnen Forschungsprojekten Stellung zu nehmen; diese Aufgabe fällt den kantonalen Ethikkommissionen zu.

• Es liegt nicht in der Kompetenz der NEK, letztgültig zu definieren, was ethisch vertretbar oder moralisch zu verantworten ist. Sie ist jedoch im Interesse des Gemeinwohls bestrebt, diesbezügliche Kontroversen gemäss ihrem Auftrag argumentativ zu erhellen und zu kommunizieren.